Я понимаю вашу точку зрения, и она действительно логична. Но я пытался синхронизировать три разных узла с одним NTP-сервером, который находился в нескольких сотнях километров от них, и между узлами получалась разница во времени в 10 секунд: это просто невозможно, так что, скорее всего, в моей системе был какой-то конфликт с ntpd... Такое происходило и с дефолтной конфигурацией ntpd (и с NTP-пулами Debian), и с кастомной конфигурацией (один NTP-сервер рядом с серверами). В обоих случаях все источники потом отмечались ntpd как "отклонённые". Обратите внимание, что timesyncd был отключён, так что он не мог быть причиной проблемы. Я уверен, что ntpd отлично работает на тысячах серверов... Просто хотел сказать тем, у кого такие же серьёзные расхождения во времени, как у меня, что прежде чем часами биться головой об ntpd, есть отличная альтернатива — chrony, про которую я до сегодняшнего дня даже не знал
