«"Оставить текущую установленную версию" — именно это я имел в виду под "Нет"...»

Нет — выбери «сохранить локальную версию, установленную сейчас»...

Этот метод работает вполне неплохо, пока вы не начинаете вносить изменения. Обычно обновления применяют новый шаблон, не учитывая, что вы сделали свои правки. Это значит, что когда шаблон, который вы изменяли, обновляется, вы не получаете уведомления о том, что появились изменения, которые могут повлиять на вашу версию. Именно поэтому при каждом обновлении стоит вручную сравнивать его с вашими изменениями и вносить соответствующие правки от мейнтейнеров пакета. Это добавляет дополнительную работу, чтобы оставаться в курсе, что не соответствует стандартному процессу apt update (который спрашивает, какую версию вы хотите сохранить, и предлагает возможность слияния изменений во время обновления), и в документации об этом не очень понятно написано. Важные изменения по безопасности могут быть легко пропущены, так как в процессе обновления не предусмотрено уведомлений об этих изменениях.