(Я на самом деле уже решил эту проблему, но хотел, чтобы другие не мучились) Поскольку enclosure распознавался dmesg -w, но не распознавались nvme endpoint, я в итоге пришел к тому, чтобы проверить, авторизовано ли устройство Thunderbolt через команду boltctl. Тогда я понял, что по умолчанию в Proxmox отсутствует пакет, который используется для управления некоторыми Thunderbolt-устройствами. Установив bolt (не boltctl, это команда), через apt install bolt, устройства появились в boltctl и также на странице хранения в GUI.