Пока ваша базовая Debian-система остается максимально приближенной к стоковому конфигу, её долгосрочное обслуживание — проще простого. Она будет обновляться без проблем. В случае аппаратных сбоев можно будет переустановить. Вам просто не нужно беспокоиться о большом количестве состояний. Но как только вы начнете кастомизировать хост, вы действуете на свой страх и риск. Это может казаться приемлемым в течение года-двух, но со временем, рано или поздно, это превращается в обузу. К счастью, нет особых причин для внесения серьезных изменений в хост. Просто перенесите всё это в ВМ или контейнеры. Контейнеры здесь особенно удобны, так как они могут использовать много общего состояния с хостом. Во многом они являются идеальным балансом между разделением для удобного обслуживания и общим доступом к ресурсам хоста. Но ВМ тоже хорошее решение. Они особенно полезны для передачи целых PCIe-карт. Если у вас только один компьютер и вы планируете использовать его в качестве основной рабочей среды, то вы часто можете передать GPU и USB-клавиатуру/мышь в ВМ и подключить свои локальные периферийные устройства так, как будто вы используете хост напрямую. Это даёт вам все преимущества управляемой среды, которую легко запустить и восстановить из снапшотов. Конечно, это немного "хак"-решение. Так делать в продакшене не стоит. Но для домашней лаборатории с ограниченными ресурсами здорово иметь выбор.

Docker ломает файрвол PVE, так что если ты его используешь, то это не лучшая идея. Запуск всего на хосте лишает тебя преимуществ гипервизора, таких как снимки, бэкапы, миграция, изоляция и так далее. CTs имеют минимальные накладные расходы. Обычно < 60 МБ памяти, в зависимости от образа. Они также используют только то, что им действительно нужно. С VM тебе приходится выделять определенное количество памяти и считать ее "использованной". Запускать Docker в CTs тоже не рекомендуется. Я обычно использую достаточно "большую" VM для запуска всех своих контейнеров Docker. Для таких вещей, как frigate, который официально поддерживает только Docker, и который я хотел запустить в CT, чтобы делиться своей iGPU, мне пришлось запускать Docker в CT. Пока что все работало отлично. Обновления ядра или PVE потенциально могут сломать это, но я чувствую себя достаточно комфортно, чтобы продолжать их делать. Так что да, все это можно сделать, но это личный выбор, от которого большинство людей рекомендуют воздержаться, и он должен быть осознанным.