Proxmox кладёт корпоративный репозиторий в файл в /etc/apt/sources.list.d/. Скорее всего, ты не удалил этот файл, когда редактировал основной sources.list, поэтому репозиторий остался активным. Веб-интерфейс показывает все репозитории из основного sources.list и все дополнительные файлы в подкаталоге, поэтому ты мог его там увидеть и отключить.