После более тщательного расследования я восстановил несколько виртуальных машин, чтобы проверить, в порядке ли их таблицы разделов или повреждены. Оказалось, что ещё одна виртуальная машина столкнулась с той же проблемой, остальные же в порядке. Обе проблемные машины имеют ряд общих характеристик. Моя конфигурация следующая: кластер из трёх гипервизоров, все работают на Proxmox 4.4, каждый имеет локальное хранилище RAID5 для локальных виртуальных машин, а также общий диск в Ceph. Виртуальные машины, находящиеся в Ceph, также полностью управляются HA. Состояние Ceph в норме. Две виртуальные машины с проблемой таблицы разделов управляются одним и тем же гипервизором (HP ProLiant — только не заводите меня тут про HP /) и находятся в хранилище Ceph. Машины на двух других гипервизорах работают без проблем, их резервные копии восстановились идеально. Виртуальные машины на HP-гипервизоре, но на локальном RAID5, тоже в порядке. Пока что единственное, что приходит на ум — возможная проблема с этим HP ProLiant и некоторыми его виртуальными машинами в Ceph. Кому-нибудь что-то это напоминает?

Никогда не использую кэш для виртуальных дисков. Файлы qcow2 хранятся на ceph, который управляется rdb. Есть только один пул, в нем находятся все ВМ, управляемые HA, но проблема возникает только у двух из них. Что меня удивляет, так это то, что изначально у резервной копии ВМ была повреждённая таблица разделов. Но стоит только мигрировать ВМ на другой узел, и при прочих равных условиях всё сразу возвращается в норму.