Я протестировал здесь с меньшей конфигурацией (только 1 сокет, 2 ядра, процессор на "хосте" и 4 ГБ памяти, все остальное по умолчанию) и разница получилась не такой большой. Windows 10 Pro: одно ядро: 5170, многоядерный: 8868. Ubuntu 16.04: одно ядро: 5456, многоядерный: 9982. Так что Linux немного быстрее, но не сильно. Аппаратное обеспечение здесь — Intel Core i7-6700k на стандартной скорости с 32 ГБ памяти.

Ок, провел еще несколько тестов: я установил esxi на тот же хост и настроил виртуальные машины с ubuntu и win2012r2: https://browser.geekbench.com/v4/cpu/2047977 https://browser.geekbench.com/v4/cpu/2048634. Так что либо geekbench вызывает сомнения как инструмент сравнения, либо Windows просто значительно хуже по производительности. Если найду время, могу попробовать установить физически Windows и ubuntu на полдня.

У вас действительно 40 ядер? Обычно это замедляет работу, если выделить больше ядер, чем есть (для одной виртуальной машины).

На r910 4xX7560 около 20% процессоров заняты другими виртуальными машинами https://browser.geekbench.com/v4/cpu/2611245, на другом r910 без запущенных виртуальных машин windows - https://browser.geekbench.com/v4/cpu/2611348, ubuntu - https://browser.geekbench.com/v4/cpu/2611539, bare-metal debian (proxmox) https://browser.geekbench.com/v4/cpu/2611723, kvm ~90% от производительности bare-metal, к сожалению, у меня сейчас нет Windows на bare-metal для сравнения баллов Windows. Код: node0           node1           node2           node3
numa_hit               280149326       290805320       267824125       226700732
numa_miss                      0               0               0               0
numa_foreign                   0               0               0               0
interleave_hit             18041           18440           18344           18449
local_node             280142722       290784647       267804011       226680404
other_node                  6604           20673           20114           20328 Год назад я проводил тесты с win vm с 32 ядрами/64 потоками, и Windows начинает тормозить, когда количество ядер увеличивается. В Cinebench однопоточная производительность практически одинаковая, но многоядерная -> 2578 bare-metal против 2035 kvm ~80% от производительности bare-metal.