У меня была похожая проблема: после того, как я что-то сделал, оболочка хоста стала невидимой. Возможно, у тебя с этим вообще нет ничего общего, но всё же решил поделиться. У меня тоже после загрузки появлялся чёрный экран без приглашения, но я мог войти, вслепую вводя команды. Всё случилось после того, как я решил попробовать gnome-shell на хосте (хотел использовать его только по необходимости, чтобы подключаться через VNC к гостевым виртуальным машинам). Потом я удалил gnome-shell и его зависимости. Проблема началась после перезагрузки. Я мог заходить по ssh и вроде не замечал ничего странного, пока не взглянул в /var/log/boot.log. В последних строках было видно, что plymouth пытался запуститься. Это графический загрузочный экран, и раз я удалил gdm, gnome-session и прочее, он, скорее всего, не мог ничего показать. Я удалил plymouth, перезагрузился — и всё заработало. Короче говоря: я забыл удалить plymouth.

nano /etc/fstab Можешь проверить, нет ли там неиспользуемого или старого монтирования диска? Отключи некорректное монтирование, поставив перед ним #, и проверь, откроется ли система.